脉冲喷吹除尘器可采用在线清灰或离线清灰两种方法。在线清灰是指在进行脉冲喷吹时，除尘滤袋仍然进行烟气过滤。喷吹系统需要用采用比较高的喷吹气流阻挡过滤烟气，同时用瞬间的脉冲振荡使尘层剥落进入灰斗。在线清灰除尘器内部是一个大空间静态气室，气流分布比较均匀，使滤料所承受的过滤负荷变化不太大，这样可延长滤袋使用寿命。

离线清灰系统需要把除尘器内部区分成若干个密封袋室，每个袋室的花板上出气口独立安装关断阀、气缸和电磁阀等压缩气控制系统。在对每个袋室进行脉冲清灰喷吹前，需要首先控制挡板使这个袋室不再进行烟气过滤。因此，离线清灰机构比较复杂，而且带有关断阀门，所以离线清灰除尘器的造价与维护量相对来说比在线精灰除尘器稍高。