反渗透膜污染后，系统运行的表现是一段压差升高，出水降低，脱盐率微降，根据物料平衡理论来计算出的结果表明污染物的主要是有机物、微生物和胶体。反渗透膜污染物分析如下：
将小塑料片或镜片挂在RO装置一段压力容器的入水口端，运行一个周期或一段时间后取出试验挂片，并在其压力容器壁上刮下污染物作为分析试样。其污染物是棕黄色粘滑性胶状物(像黄干油)。玻璃棒粘点进行燃烧有蛋白质香味，放在钳锅内燃烧同样闻到蛋白质香味，然后碳化。说明有机物含量很高。放入8%的盐酸溶液中不溶解，只是颜色变成了灰白色。
反渗透膜受到污染后其运行指标与投运相比，在产水量降低15%，校正后的压差变化达15%或归一化后的盐通量达15%时应进行清洗，这些指标是一种预防性的保守指标。另外也可以采用预防性的清洗，即每月定期清洗一次，来保持反渗透膜的清洁度和安全稳定运行。
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