二室RTO蓄热式焚烧炉的实际操作基本原理如下。在动工时先用清新空气代替工业废气，借燃烧机将储热室加熱到确定环境温度。由于储热体具备很高的储热特性，所以从一个冷的RTO加熱到800~850℃，空气还要环境温度正常的的环境温度遍布，一般要经过几天時间(目前也是有缩短到以小时计)。在正常的实际操作时，例如储热室A已在前一个实际操作循环系统(或称时间跨度)中存储了发热量，工业废气首先从底部进入到储热室A，废气根据储热体床层被提前预热到接近燃烧仓环境温度，而储热体同时逐渐被制冷；

然后，提前预热后的废气进入到优品燃烧仓(即主反应区，混合气体在燃烧仓中的停留的时间约为1s)，在燃烧仓中有用化合物被氧化后，即作为高温净化处具体以实际为主进入到储热室B；此时，净化处具体以实际为主将发热量发送给储热体，储热体床层逐渐被加熱，而净化处具体以实际为主则被制冷后排出。

当储热室A制冷到尚可容许的环境温度水准时，就应切换气体的流入，即进行第1个循环系统。切换流入后，工业废气进入到已被加熱过的储热室B，反应后的净化处具体以实际为主则将发热量发送给已制冷的储热室A，如上所述相同，进行第2个循环系统。这样根据不断反反复复循环系统实际操作来完成废气的净化处理和发热量的灵活运用。一个循环系统時间，即切换時间大约为30~120s(两个切换时间就是一个全时间跨度)。假如废气中易燃物浓度值环境温度自供热实际操作的水准，那麼燃烧机只需在动工时使用，在正常的。