合成培养基 是指原料其化學成分明確、穩定的培養基。適合於研究菌種基本代謝和過程的物質變化規律，但是培養基營養單一，價格較高，不適合用於大規模工業生產。

天然培养基 這一類培養基採用天然的原料，所以其原料來源豐富（大多為農副產品）、價格低廉、適於工業。然而原料品質等方面不加控制會影響生產的穩定性。

固体培养基適合於菌種和孢子的培養和保存，也廣泛應用於有子實體的真菌類，如香菇、白木耳等的生產。半固体培养基 在配好的液體培養基中加入少量的瓊脂，一般用量為0.5%～0.8%，主要用於微生物的鑒定。液体培养基80%～90%是水，其中配有可溶性的或不溶性的營養成分，是發酵工業大規模使用的培養基。培养基依照其用途可分为孢子（斜面）培养基、种子培养基和发酵培养基三种。

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