杀菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，繁殖越快。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢，

底槽式杀菌机的原理体现出了单个热交换器概念，并使集中热交换器供给系统得到充分的利用。这种设计是基于通用于模块式结构，采用标准的制造方法，也可以对个别的区域进行调整，这种既规范又灵活的特性不仅对赞德汉森，而且对用户都是大为有益的，缩短了制造、交货和安装的时间。

底槽式巴氏杀菌机是集中热交换供给系统的主体机型，并可以充分显示出巴氏杀菌单位控制的优异性能———所有的理论指标在这里均已达到。只有在没有其他可能性的情况下，才使用溢流系统中的净水，这样，与传统的巴氏杀菌机相比较，就可以减少35%～40%的用水量。底槽式巴氏杀菌机使用一条自动过滤带取代了传统的手动双筛，这既加强了机器的强度，又简化了机器的结构。